1991 óta rendeznek selejtezőket a sorozatban, azóta hatszor szereztünk indulási jogot, kétszer tudtunk párharcot nyerni.
Első alkalommal az 1992/1993-as szezonban kvalifikáltuk magunkat a legendás Fradi-tavasz utáni bajnoki címmel, ebben az idényben három selejtezőkör várt a csapatokra, mi a másodikban csatlakoztunk, ellenfelünk a pozsonyi Slovan volt, a rendőri brutalitással tarkított odavágón 4-1-es vereséget szenvedett csapatunk, hazai pályán pedig 0-0-ás döntetlenre végeztünk, így a szlovákok jutottak tovább – a Milan ellen véreztek el 5-0-ás összesítéssel.
A következő fellépésünk volt egyben a legsikeresebb is, az 1995/1996-os idényben csak egy selejtezőkör várt 16 csapatra, nekünk a belga Anderlecht jutott, az eredményeket mindenki kívülről tudja, Brüsszelben Kuntics góljával nyertünk 1-0-ra, itthon pedig 1-1 lett, ekkor Kopunovics talált be a lila-fehérek kapujába és bejutottunk a Bajnokok Ligájába.
Egy év múlva ismét bajnokok lettünk, ismét csak egy kör kellett a „mézesbödön” eléréséhez, ám ezúttal nem sikerült a csoda, az IFK Göteborg már az első mérkőzésen eldöntötte a párharcot, 3-0-ás vereséggel küldött minket haza, a visszavágón csak egy 1-1-es döntetlenre futotta.
2001/2002 a következő állomás, a Csank-csapat a három körös selejtező második fordulójában találkozott a Hajduk Splittel, az Üllői úton és a Poljud-stadionban is 0-0-ás eredmény született, a kiélezett párharcot végül büntetők döntötték el, a rossz emlékű Alex Monken-próbálkozás döntötte el a sorsunkat, a brazil légiós kezdett, és hibázott, 4-5-re a horvátok nyertek és jutottak tovább, a csoportkörért a Mallorcával játszottak, hosszabbítás után estek ki.
A „helikopteres” bajnok cím után a 2004/2005-ös idényben első ellenfelünk a második selejtezőkörben az albán KF Tirana volt, idegenben Huszti Szabolcs két góljával nyertünk 3-2-re, a visszavágó előtt eladtuk Gera Zoltánt a West Bromwich Albionnak, majd óriási szerencsével, 0-1-es vereség után, idegenben lőtt több góllal mentünk tovább, és játszhattunk a csoportkörért a Sparta Prága ellen. Hazai pályán okos játékkal nyertünk 1-0-ra, majd a Toyota Arénában is becsülettel helytálltunk, a ráadásban maradtunk alul a csehekkel szemben – szépségtapaszt jelentett az UEFA Kupa csoportkör elérése.
Tizenkét esztendő után próbálkozhattunk ismét, újra albán ellenfél ellen, a kudarc emlékei még igen frissek…
Összesített Bajnokok Ligája-selejtező mérleg:
14 mérkőzés, 3 győzelem, 7 döntetlen, 4 vereség.
